Koruyucu ve ilaç tedavi yöntemlerinin yetersiz kaldığı bası yarası hastalarında cerrahi tedavi gerekir. Bası yarası cerrahi tedavisinde; standart yara cerrahi tedavisinin temel kurallarının yanı sıra, bası yaralarının kendine özgü özellikleri göz önünde bulundurulmalıdır. Örneğin bası yaraları; etyolojik, morfolojik, bakteriyolojik ve sıklıkla önemli ek hastalıklar içeren ayrıcalıklı yaralardır. Bası yarası cerrahi tedavisinde bu ayrıcalıklar mutlaka dikkate alınmalı ve bunlara yönelik etkili çözümler uygulanmalıdır. En kısa sürede ve tek seansta onarım mümkün olduğunca tercih edilmelidir. Bası yarasının cerrahisi; hastanın ve yaranın tedaviye hazırlanması (ek sorunların tedavisi, yara bakımı ve debridmanlar) ile başlar. Cerrahi sırasında genellikle yarada tüm nekrotik doku, bursa ve kemik çıkıntıların çıkarılması, böylece hazırlanan bölgeye en uygun, gerilimsiz ve ölü boşluk bırakmayacak şekilde kanlanması, iyi ve sonraki flep seçeneklerini tehlikeye atmayan dayanıklı bir flebin seçilmesi ve uygulaması ile devam eder. Ancak tedavi bunlarla sınırlı değildir, her şeye rağmen ortaya çıkan sık nüksün azaltılması, hasta eğitimi, rehabilitasyonu ve operasyon sonrası girişimleri kapsayan multidisipliner bir yaklaşım gerektirmektedir.